直树不准备回密阿雷市，他准备往西去娑罗市。在大赛开始之前，他要按照约定去见一见可尔妮，并且和她一起特训。可尔妮还没有正式继任道馆馆主，所以她今年同样是要参加联盟大赛的。
到达娑罗市之后，直树却从可可布尔口中得知了可尔妮已经去密阿雷市的消息，直树不得不从娑罗市赶回密阿雷市。
密阿雷市就是这一届卡洛斯联盟大赛的举办地点，临近大赛，原本人就多的密阿雷市已经是人潮汹涌了，随处可见年轻的宝可梦训练家，他们的目标无疑都是联盟大赛。
直树在宝可梦研究所遇到了过来找自己的可尔妮，许久未见的两人惯例拥抱了一下，随后就是惯例的对战环节。
可尔妮已经完全掌握了和路卡利欧之间的超进化，两人使用超级路卡利欧对战了一场，对战没有分出胜负，以平手结束。现在是特训的时候，不能让宝可梦受伤，双方都没有使用全力对战。
“密阿雷大赛的赛制是传统的一对一，六选三的单打对战，比赛采取淘汰制。直到4强才会采用六对六的全面对战。”
“在前期，能够使用越少的宝可梦越好，这样别人就会没办法看透你们的实力，没办法针对你们。”
“当然，如果为了隐藏实力输了的话可就不好了，对战中可是绝对不可以松懈的。”
佐藤真正在给直树和可尔妮说着联盟大赛的各种规则和技巧，其本人从来没有参加过联盟大赛，但是对大赛却十分的了解。
“今年的联盟大赛的奖励十分的丰厚，甚至有不少其它地区的训练家都跑到了密阿雷市来参加，你们可要小心一些。”
没错，今年的冠军奖励之中就有超进化钥石，这对很多宝可梦训练家来说都有着致命的吸引力。这是超进化研究刚刚进入大众视野的第一年，对战的激烈程度可想而知。
“对了，小直，图图犬该还给你了，大赛报名只能选择六只宝可梦，中途是不允许更换队伍的，所以你要想好带那些宝可梦上场才行。”
直树愣了一下，这个问题他之前还没有想过，他现在的宝可梦已经超过六只了，选谁参赛也是一个需要思考的问题。
留下物攻手中的一只吧，直树根据队伍的合理性只能这样选择，那么就是在烈咬陆鲨、喷火龙和路卡利欧之中选择一只不参加。
直树和三只宝可梦商量了一下，三者倒是十分的豁达，纷纷表示自己可以不参加，把机会让给另外两只宝可梦。最终路卡利欧力排众议，觉得自己不参加，它是队伍中的大哥，应该把这种机会让给小弟。烈咬陆鲨和喷火龙表情浮夸，纳头便拜，三兄弟抱在一起哭成一团。
“......”一旁的直树一脸懵逼。不过宝可梦自己商量好了，直树就按照它们的想法来了。
了解完规则之后，就是对战特训了，到报名开始、比赛正式开始之前，直树和可尔妮的时间大概都会用来进行对战训练。
这此期间，瑅耶鲁诺和多罗巴也加入了训练的队伍，他们两人也收集完了八个徽章，准备参加今年的联盟大赛。
根据他们说，卡鲁穆也准备参加大赛，现在正在野外独自特训。
莎莉娜和莎娜并没有参加联盟大赛的想法，不过她们也都来到了密阿雷市，按照约定说的那样过来给大家加油。
就在这段忙碌的时间中，密阿雷市出现了一起极为恶劣的抢夺宝可梦的事件。直树被希特隆请求过来帮忙抓捕罪犯。
根据受害者的描述，犯人似乎是一个穿着笼罩全身的衣服的人。
直树忽然想起了闪焰队的那位行踪不明的科学家库瑟洛斯奇，在游戏的剧情之中，二周目的时候这个家伙会在密阿雷市搞事情，弗拉达利失败后，库瑟洛斯奇回到弗拉达利研究所，继续自己毕生追求的E战斗服的研究。
他招募了玛琪艾儿作为自己研究的对象。由于玛琪艾儿不能命令宝可梦进行对战，库瑟洛斯奇只好将实验方式改为通过遥控控制E战斗服行动。在此期间，身穿战斗服的玛琪艾儿被称为“艾丝普莉”。作为实验的一环，库瑟洛斯奇先是让艾丝普莉潜入密阿雷美术馆，对艺术品进行损毁，之后又让艾丝普莉夺走一般市民的宝可梦。
因为直树的缘故，库瑟洛斯奇的计划似乎提前了，直树觉得自己还是亲手去了结这件事情比较好。
再一次来到来到弗拉达利研究所，这里已经被联盟封闭了，直树靠着沙奈朵的瞬间移动进入了其中。
打败了潜伏在研究所内部的人，直树来到了研究所的深处。
“为什么E战斗服的遥控机能在那个时候出现了问题？”
“……我是不是不应该只是催眠，也应该控制她的精神？但是这样一来，对玛琪艾儿的负担就太重了……”
直树走路的声音使得自言自语的库瑟洛斯奇回过头来。
“哦哦！你是那个时候的！原来如此，妨碍实验的就是你啊！我明白了！好！就用你来做实验吧！只要穿着E战斗服的艾丝普莉能够击败你，就能证明我高超的科学实力了！来，过来吧，艾丝普莉！战斗吧！和艾丝普莉战斗！”
黑暗中走出了一个穿着黑色战斗服的人，她的脸上戴着橙色的无脸面具，从身材上可以看出她是一个十五六岁的女孩。
直树记得这个女孩，在游戏之中他完成过相关的剧情。
玛琪艾儿从小失去了父母，无家可归，在密阿雷市的小巷中和妙喵喵茸一起生活。之后在帅哥（一个国际警察，帅哥是他的代号）调查的事件中被帅哥发现并成为了帅哥的助手，同时结识了主角。由于玛琪艾儿没有受过正规的教育，帅哥便在自己的事务所中教她读书识字。在小巷中生活时，虽然玛琪艾儿不懂读书写字，但却能够从来到密阿雷市观光的外国人身上学会少许的外语，并能够将其用于交谈。密阿雷帮一众在某次事件之后便仰慕着玛琪艾儿，她和帅哥成为了这一集团改邪归正的契机。
在帅哥侦探事务所生活期间，玛琪艾儿渐渐觉得自己是帅哥的负担，便瞒着帅哥及主角偷偷地去寻找兼职，希望能为帅哥出一份力。之后，玛琪艾儿找到了库瑟洛斯奇，后者正在招募扩展服的受验者。玛琪艾儿觉得这份“只是睡觉的兼职”自己也能胜任，便自愿参加了扩展服的测试，但随即被希望能尽快取得成果的库瑟洛斯奇利用扩展服的遥控机能控制，化名为艾丝普莉四处作恶。